Đa số các chống chỉ định và thận trọng là tạm thời do đó việc tiêm vắc xin cần phải được tiến hành sau đó khi không còn chống chỉ định nữa. Vắc xin sẽ không được tiêm khi có chống chỉ định. Do đó cần phải khám sàng lọc trẻ để phát hiện các chống chỉ định trước khi tiêm vắc xin. Các chống chỉ định cho tất cả các vắc xin là: Có tiền sử phản ứng, dị ứng nặng sau khi tiêm 1 liều vắc xin trước đó. Ngoài ra những người có suy giảm miễn dịch nặng thì không được tiêm vắc xin sống. Những trẻ em có biểu hiện viêm não trong vòng 7 ngày sau khi tiêm 1 liều vắc xin trước đó như bạch hầu, ho gà, uốn ván mà không phải do lý do nào khác thì không nên tiêm bổ sung vắc xin có chứa thành phần ho gà. Phụ nữ có thai không nên tiêm vắc xin vi rút sống giảm độc lực vì người ta lo ngại về mặt lý thuyết vắc xin có thể có nguy cơ với bào thai. Nhìn chung không nên tiêm vắc xin trong trường hợp có các yếu tố liên quan đến tình trạng mắc bệnh. Tuy nhiên, trong một số trường hợp vẫn nên tiêm nếu lợi ích bảo vệ từ vắc xin lớn hơn nhiều so với nguy cơ BCBLSTC. Ví dụ, một liều tiêm vắc xin DPT là cần thiết cho một người ở vùng có dịch ho gà ngay cả khi người đó đã phát triển hội chứng Guillain-Barré sau một mũi tiêm trước đó. Các trường hợp bệnh cấp tính, nặng hoặc vừa mà có hoặc không có sốt thì cần phải thận trọng khi tiêm tất cả các loại vắc xin. Tuy nhiên, các thầy thuốc lâm sàng thường hiểu sai về các bệnh dẫn đến chống chỉ định hoặc thận trọng và thường dẫn đến mất cơ hội tiêm chủng vắc xin theo quy định. Trên thực tế, nhiều cán bộ y tế đã chống chỉ định không cần thiết trong những trường hợp sau: Tiêu chảy, viêm đường hô hấp dưới nhẹ bao gồm viêm tai giữa có hoặc không sốt, phản ứng nhẹ và vừa của những lần tiêm vắc xin trước đây, điều trị kháng thuốc hiện nay và giai đoạn hồi phục bệnh cấp tính. Không nên trì hoãn việc tiêm vắc xin trong những trường hợp trẻ mắc bệnh đường hô hấp nhẹ, bệnh cấp tính nhẹ và không có sốt, mà chỉ trì hoãn tiêm vắc xin khi có các biểu hiện bệnh cấp tính nặng hoặc vừa. Cần phải được tiêm càng sớm càng tốt sau khi những biểu hiện này không còn nữa.